Саяно-Шушенский биосферный заповедник удален от населенных пунктов и сухопутных путей сообщения. Северная граница заповедника проходит в 200 км от центральной усадьбы (100 км автомобильным и 100 км водным транспортом), до южной границы - более 350 км, до ближайших населенных пунктов – не менее 100 км. Сильно пересеченный горный ландшафт, отсутствие каких-либо дорог, захламленная тайга делают территорию заповедника труднодоступной и исключают использование механического транспорта. Основной путь сообщения между кордонами и центральной усадьбой – Саяно-Шушенское водохранилище, которое является восточной границей заповедника и служит исходным пунктом для всех пешеходных патрульных маршрутов.
Географическое положение на стыке горных хребтов вблизи Тувинской котловины, значительная высотная протяженность, чередование лесорастительных зон создают большое разнообразие микроклиматических условий и делают территорию заповедника уникальной по ландшафтам и биоразнообразию. Здесь обитает 320 видов наземных позвоночных, включая 60 видов млекопитающих и 250 видов птиц, произрастает более 2000 видов высших растений. В Красную книгу Российской Федерации внесено 14 видов растений и 3 вида млекопитающих (снежный барс, манул, северный олень).
Результатом кропотливой работы ботаников заповедника и специалистов из научных институтов страны с территории заповедника описано 6 новых для науки видов, а ежегодные флористические исследования выявляют новые для территории заповедника виды. Это связано с появлением новых методов исследований, которые используют научные сотрудники.
Продолжает совершенствоваться система охраны заповедной территории. В практику патрулирования «возвращены» конные маршруты.
Современные технические средства – фотоаппараты с хорошими характеристиками, компактные автоматические фоторегистраторы позволяют получать больше информации о незаконном посещении территории и оперативно реагировать на сигналы о тревоге. Сегодня использование в практике патрулирования GPS-трекеров позволяет администрации отслеживать ежедневные передвижение оперативных групп по маршруту, а спутниковая и радиосвязь дает возможность корректировать дальнейший ход рейда в зависимости от собранной информации.
Значительные результаты достигнуты в направлении экологического просвещения и познавательного туризма, сообщает пресс-служба заповедника.
Колоссальные изменения произошли в инфраструктуре территории Саяно-Шушенского заповедника. Для расширения возможностей изучения и охраны территории в первые пять лет существования заповедника на его территории было создано 6 кордонов и более 10 зимовий - переходных изб на основных стратегических точках и тропах. Это позволило увеличить протяженность исследовательских маршрутов и период проведения полевых работ, повысить безопасность и комфортность пребывания сотрудников в природных условиях в любое время года. Такая инфраструктура стала хорошей основой для проведения маршрутных и длительных стационарных наблюдений.
На территории Саяно-Шушенского заповедника более 45 рек.
