Проектный режим работы гидроагрегатов предполагает изменение нагрузки в течение суток для выравнивания неравномерности режима потребления в энергосистеме. Поэтому до аварии агрегаты работали на полной мощности в утренние и вечерние пики нагрузки и на пониженной мощности в часы ночных провалов нагрузки. На данный момент в целях стабильности технологического режима агрегаты несут неизменную нагрузку в течение суток. Благодаря чему гидроэлектростанция фактически достигла доаварийного уровня выработки электроэнергии. Четырьмя агрегатами, наименее пострадавшими во время аварии и восстановленными в 2010 году, вырабатывается столько же электроэнергии, сколько до аварии вырабатывали десять. Это обеспечивает более высокую надежность работы, однако при этом возрастает интенсивность использования мощностей. В связи с повышенной интенсивностью эксплуатации оборудования запланирован учащенный график ремонтно-профилактических работ на восстановленных агрегатах.
На сегодняшний день в работе находятся ГА№ 1, 3, 4, 5 с суммарной мощностью 2560 МВт. Гидроагрегат № 6 выведен в реконструкцию. Приток в водохранилище составляет 400 м3/с, суммарный расход через агрегаты — 1385 м3/с, уровень верхнего бьефа — 529,81 м (нормальный подпорный уровень СШГЭС — 539 м). Енисейским БВУ установлен режим работы Саяно-Шушенской ГЭС со среднесуточными сбросными расходами в диапазоне
